Mengenai asal katanya pesantren berasal dari kata santri yang mendapat awalan pe- dan akhiran –an yang berarti “ tempat tinggal para santri”. Selain itu , asal kata pesantren dianggap gabungan dari kata sant (manusia baik) dengan suku kata tra (suka menolong) sehingga kata pesantren dapat berarti “ tempat pendidikan manusia baik-baik”.
Lebih jelas lagi dan terinci Nur Cholis mengupas asal-usul kata santri. Ia berpendapat “santri asal kata sastri (Sansekerta) yang berarti “melek huruf”, senada dengan itu perkataan santri juga berasal dari bahasa Jawa (catrik) yang berarti orang yang selalu mengikuti seorang guru kemana guru pergi menetap, tentu dengan tujuan agar dapat belajar dari guru mengenai suatu keahlian.
Pengertian pondok pesantren tidak dapat diberikan dengan batasan yang tegas, melainkan terkandung fleksibilitas pengertian, memiliki ciri-ciri yang dapat memberikan pengertian pondok pesntren, setidaknya ada 5 (lima) ciri yang terdapat dalam suatu pondok pesantren, yakni: kyai, santri, pondok, masjid, dan kitab-kitab islam klasik (kitab kuning).
Dengan demikinan bila orang menulis tentang pengertian pondok pesanten maka topik-topik yang harrus ditulis sekurang-kurangnya adalah:
a. Kyai pesantren, mungkin mencakup ideal kyai untuk masa kini dan masa akan datang.
b. Santri, melingkupi masalah syarat, sifat, dan tugas santri.
c. Pondok, cakupannya syarat-syarat fisik dan non fisik, pembiayaan tempat, penjagaan , dan lain-lain.
d. Masjid, cakupannya akan sama dengan pondok.
e. Kitab-kitab islam klasik (klitab kuning), bila diluaskan akan mencakup kurikulum pesantren dalam arti luas.
Dilihat dari ciri-ciri yang terkandung dalam pesantren di atas, pengertian pesantren yang popular saat ini adalah: Suatu lembaga pendidikan Indonesia yang bertujuan untuk mendalami ilmu agama Islam, dan mengamalkannya sebagai pedoman hidup keseharian (tafaqquh fiddin) dengan menekankan pentingnya moral dalam hidup bermasyarakat.
. Dasar pemikiran ini relevan dengan Firman Allah SWT: “ Tidak sepatutnya bagi orang-orang mukmin itu pergi semuanya (ke medan perang). Mengapa tidak pergi dari tiap-tiap golongan diantara mereka beberapa orang untuk mempedalam pengetahuan mereka tentang agama dan untuk memberi peringatan kepada kaumnya apabila mereka telah kembali padanya, supaya mereka dapat menjaga dirinya”. ( QS. At-Taubah: 122)
Ayat tersebut diatas menjiwai dan mendasari pendidikan pesantren, sehingga seluruh aktivitas keilmuan didalam pesantren pada dasarnya ditujukan untuk mempertahankan dan menyebarkan agama Islam.
Definisi lain mengatakan bahwa pesantren adalah lembaga pendidikan dan pengajaran agama Islam, umumnya dengan cara non klasikan, di mana seorang kyai mengajarkan ilmu agama Islam kepada santri-santri berdasarkan kitab-kitab yang ditulis dalam bahasa Arab oleh ulama abad pertengahan, dan para santri biasanya tinggal di pondok (asrama) dalam pesantren tersebut.
Definisi lain diberilkan oleh Mastuhu bahwa pesantren adalah lembaga pendidikan islam untuk memahami, menghayati, dan mengamalkan ajaran islam dengan menekankan pentingnya moral keagamaan sebagai pedoman perilaku sehari-hari, penyelenggaraan lembaga pendidikan pesantren berbentuk asrama yang merupakan komunitas tersendiri di bawah pimpinan kyai atau ulama dibantu oleh seorang atau beberapa orang ulama dan atau para ustadz yang hidup bersama di tengah-tengah para santri dengan masjid atau surau sebagai pusat kegiatan peribadatan keagamaan. Gedung-gedung sekolah atau ruang-ruang belajar sebagai pusat kegiatan belajar mengajar, serta pondok sebagai tempat tinggal para santri selama 24 jam dari masa ke masa mereka hidup kolektif antara kyai, ustadz, santri dan para pengasuh pesantren lainnya, sebagai satu keluarga besar.
Sehingga bila dirangkum semua unsur-unsur dapatlah dibuat suatu pengertian pondok pesantren secara bebas. Yang dimaksud penulis dengan pondok pesantren ialah: Suatu lembaga pendidikan islam yang dijadikan tempat tinggal para santri untuk mendalami, memahami, menghayati, dan mengamalkan ajaran Islam (tafaqquh fiddin) dengan menekankan pentingnya moral agama Islam sebagai pedoman hidup bermasyarakat sehari-hari, yang diselenggarakan dengan lima elemen penting, meliputi: kyai, santri, pondok, masjid, dan pengajian kitab-kitab Islam klasik (kitab kuning).
