Wilayah Kota Samarinda memang dilalui oleh Sungai Mahakam, sungai besar dan terpanjang di pulau Kalimantan. Berikut ini aliran sungai dan ”parit” terpanjang ke terpendek di Kota Samarinda yang mengalir ke Sungai Mahakam:
1. Sungai Karang Mumus
2. Sungai Palaran
3. Sungai Karangasam Besar
4. Sungai Loa Janan
5. Sungai Sambutan
6. Sungai Rapakdalam
7. Sungai Karangasam Kecil
8. Sungai Manggis
9. Sungai Jakarta
10. Sungai Ampera
11. Sungai Kerbau
12. Sungai Lobang
