Sejak Malaka jatuh kedalam kekuasaan Portugis pada tahun 1511. Timor (Kupang) telah disinggahi secara rutin oleh para pedagang Portugis antara tahun 1518 sampai tahun 1550-an. Sebab sekitar tahun 1556 seorang Ordinis Praedicatorum yang bernama Pater Taveirea konon telah membaptiskan lebih kurang 5.000 orang di Timor. Pada tahun 1522 sisa armada Ferdinand Magellan menyinggahi Alor dan Timor (Kupang).
Hubungan dan karya Portugis yang paling menonjol di Kupang terjadi pada tahun 1640-an, ketika Pater Antonio de Sau Jacinto mengemban misinya di daerah ini, Jacinto berhasil menjalin kerjasama yang baik dengan raja Kupang (raja Helong), yang telah dibaptiskan dengan nama Don Duarte, sedang-kan permasurinya dibaptiskan dengan nama Dona Maria. Jalinan kerjasama yang baik tersebut melahirkan kontrak tertanggal 29 Desember 1645 yang isinya antara lain : Jacinto diperbolehkan mendirikan sebuah gereja dan sebuah benteng, dan kapal-kapal bangsa lain tidak diperbolehkan memasuki pelabuhan Kupang
Setelah Belanda menduduki Kupang pada tahun 1653, maka Kupang mulai dijadikan sebagai pangkalan/basis perdagangan dan kegiatan mengenai sistem pemerintahan VOC/Belanda. Tidak terdapat petunjuk yang jelas mengenai sistem pemerintahan VOC/Belanda pada waktu itu. Yang dapat diketahui dari berbagai referensi hanyalah pangkat, kedududkan, atau jabatan para pegawai VOC/Belanda. Pejabat tinggi yang berkedudukan di Kupang untuk melaksanakan misi VOC dibidang perdagangan dan politik pemerintahan wilayah disebut Opperhoofd.
Pada tahun 1653 sampai dengan tahun 1756 Belanda banyak melakukan pemerasan dan perbudakan dari setiap kerajaan yang ditundukkannya. Dari kerajaan-kerajaan sekitar Kupang (kerajaan Kupang atau Helong, Ambai, Sonabai-Kecil, dan Amarasi). Belanda lebih banyak melakukan pemaksaan pengambilan rakyat yang dijadikan budak untuk diperdagangkan dan dijadikan tenaga kerja bagi kepentingan para penguasa Belanda.
